أهداف المصلحة :
- فرض سيادة القانون البحري الليبي و التشريعات النافـذة بما يخـدم مصلحة القطاع و المجتمع .
- مواكبة التطور في التشريعات البحرية الدولية ودراسـتها لاعتـماد ما يتلائم منها مع التشريعات المحلية .
- إقتراح السياسات العامة لخطة عمل الموانئ و النقل البحري بمـــا يخـــدم قرارات الدولة .
- الإهتمام بالبنية التحتية الأساسية للموانئ الليبية لتمكينها من أداء أفضل الخدمات وبأقل التكاليف .
- المساهمة في نقل التقنية الحديثة إلي الموانئ و النقل البحري من خلال إتاحة الفرصة أمام الشركات الوطنية و العالمية لتقديم نشاطاتها البحرية المختلفـة و فقاً لضوابط و اشتراطات علمية و عملية تراعي احتياجات المجتمع و خصوصياته .
- الأهتمام بالموارد البشرية الوطنية التي تعمل في القطاع و متابعتها و العمل على رفع مستوى الجودة و الكفاءة وفقاً للإشتراطات الدولية .
تحديات المرحلة :
_ إعادة العمل بصورة طبيعية لكافة الموانئ الليبية لإستيعاب أكبر عدد من السفن التجارية لتلبية إحتياجات السوق الليبي من السلع و الموارد الضرورية .
_ صيانة المنشآت و المرافق المينائية المتضررة خلال الفترة السابقة .
_ تجهيز المقار الإدارية بالمصلحة و إدارات الموانئ التابعة لها و محطات الركاب .
_ الصيانة الدورية للمنائر و العلامات الملاحية للموانئ و توريد و تركيب الواقيات المطاطية للموانئ و ازالة الغارقات و العوائق بأحواض الموانئ و تعميق مداخل الموانئ .
_ مراجعة و تفعيل المشاريع المتوقفة و تصفية التزامات المشاريع الملغاة .
_ إعادة النظر في التنظيم الإداري بهدف إلغاء المركزية وفق تصور إداري حديث يلبي إحتياجات مدونة جودة الإدارة (ISO) .
_ إعادة برنامج تدريبي مكثف يشمل تدريب كافة الموظفين بالمصلحة و الموانئ التابعة لها كل حسب تخصصه .
ورغم كافة الظروف الصعبة التي تشهدها البلاد تم وبحمد الله تحقيق جل الأهداف التي تم وضعها في هذه المرحلة .